在 centOS6 上安裝 R 3.6.0

R語言 / linux
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內容說明

如何在 centOS 上安裝 R ，並記錄所有的坑與雷點
sudo apt-get install build-essential (OS: ubuntu) 與 yum install gcc gcc-c++ make (OS : centOS ) 不同需要特別注意
此版本為: centOS 6
為甚麼會寫兩篇文章關於 R 的安裝呢，很簡單！因為之前 3.2.0 不支援太多套件了，只好來重新安裝 R 的新版本(P.S. 不歸路阿…都是坑)
注意:如果不需要，建議還是安裝 3.2.0 較為方便
centOS6 在安裝 R新版本會有非常大問題出錯。
警告:這篇文章實用性不高，對於可信度請不要太過於相信，太多事情沒有紀錄確實。在此獻上歉意
為甚麼實用性不高，還要放在網路上呢? 因為就算實用性不高這些錯誤我曾踩過，也許未來的我能從這邊啟發一些事情

安裝教學

  1. 安裝前置作業必要套件

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    yum install gcc-gfortran     
    yum install gcc gcc-c++ 
    yum install readline-devel    
    yum install libXt-devel
    yum install libpng libpng-devel libtiff libtiff-devel libjpeg-turbo libjpeg-turbo-devel
    yum install libgfortran4
    yum install libxml2-devel

  2. 安裝使用

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    sudo yum install epel-release
    sudo yum install R
    sudo ./configure --prefix=/opt/R/3.6.0 --enable-R-shlib

錯誤排除

R 如果 ERROR 並且你的 linux 系統 c++ < 11 or nullptr 不可用 就必須要安裝 c++ 11

如果你在安裝套件上遇到錯誤時，仔細閱讀可以發現似乎有 bug 關於說 nullptr 不可使用，這時候你可能知道了一件事，對！centOS6 的 complier 是 C99，不是 C11，生不生氣!所以我們就要來安裝 C11

Answer:

run a c++ program with c++11 support in older CentOS machine 參考此文章，這文章寫得很好。

ERROR : C++11 standard requested but CXX11 is not defined

試圖加入這些命令

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CXX11 = g++
CXX11FLAGS = -O2 -g $(LTO)
CXX11PICFLAGS = -fPIC
CXX11STD = -std=c++11

參考連結

Installing hits ‘C++11 standard requested but CXX11 is not defined

Error: Protected multilib versions

如果遇到有不同版本的問題，則將版本移除即可。下面是我遇到的錯誤訊息

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Error: Protected multilib versions: libRmath-3.5.2-2.el6.i686 != libRmath-3.6.0-1.el6.x86_64
Error: Protected multilib versions: R-java-devel-3.5.2-2.el6.i686 != R-java-devel-3.6.0-1.el6.x86_64

解決方案

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sudo yum remove openssh
sudo yum remove libRmath
sudo yum remove R-java-devel

心得

老實說，這篇文章我並沒有打得很好，因為我花了太多時間在 debug，以及這是我第一次花時間去完整地找出 bug，然後各個擊破。我在 bug 的過程中沒有紀錄確實，導致紀錄的不好。有許多我知道我曾經有錯的地方我也有找出 solutation，但我卻沒有紀錄。我覺得這點不好，這樣我在以後如果有遇到類似問題時會遇到一樣久的時間。

但是有了這次經驗，我知道我應該要怎麼來做 debug 會更好。應該在邊學中碰到 Error 就做紀錄，這樣才是最好的。

學習連結

我在尋找的過程中，受到這幾個網站的幫助，如果我解釋得不好可以考慮從這些網站下尋求幫助，如下:
libcurl-devel-7.19.7-53.el6_9.x86_64.rpm
在CentOS服务器上配置RStudio Server
linux下R 3.6.0的安装手册
Unable to install R 3.6.0 on centos
本地安裝R-devel的Gfortran錯誤
Updating GFortran on Scientific Linux 7?
R-devel-3.6.0-1.el6.x86_64.rpm

我在 debug 時做的簡單紀錄

由於太簡單了，反而導致我很難做紀錄。需要改進

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#install.packages("magrittr")
#install.packages("devtools") 
install.packages("igraph")
#install.packages("RJSONIO")
install.packages("doBy")
#install.packages("ggplot2")
install.packages("jsonlite")
install.packages("plumber")

sudo ./configure --prefix=/opt/R/3.5.0 --enable-R-shlib
roxygen2
BiocManager
lintr
rmarkdown
spelling
pkgdown
devtools
devtools::install_github("gaborcsardi/pkgconfig" , force=TRUE)
devtools::install_github("igraph/rigraph")

yum remove libgfortran4
yum install libgfortran4
install_url("http://igraph.googlecode.com/files/igraph_nightly_0.6-2689-20120412.tar.gz") 
library(devtools)
library(remotes)
install.packages("igraph", dependencies = TRUE) # R 版本必須大於 3.2.3
install.packages("devtools", repos = "http://cran.rstudio.com")
remotes::install_version('igraph', version = '1.1.1' )
install.packages("remotes")
install.packages("readxl")
install.packages("igraph", repos = "http://cran.rstudio.com")
install.packages("RJSONIO", repos = "http://cran.rstudio.com")
install.packages("doBy", repos = "http://cran.rstudio.com")
install.packages("ggplot2", repos = "http://cran.rstudio.com")
install.packages("jsonlite", repos = "http://cran.rstudio.com")
install.packages("plumber", repos = "http://cran.rstudio.com")

url <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/igraph/igraph_1.1.1.tar.gz"
install.packages(url, repos=NULL , type="source")

install.packages("devtools")
install.packages("later")

install_version(“ggplot2”, version = “2.0.0”, repos = “https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/”)

install.versions(c('checkpoint', 'devtools'), c('0.3.3', '1.6.1'))
install.packages("version")


原文網址：https://kknews.cc/news/2q495g9.html
wget http://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.5.0.tar.gz

tar -zxvf R-3.5.0.tar.gz
cd R-3.5.0
原文網址：https://kknews.cc/news/2q495g9.html

root密碼: +Z_F~Q!=mHch
yum install libxml2-devel


In install.packages("igraph", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘later’ had non-zero exit status

Warning messages:
1: In system2(cmd0, args, env = env, stdout = outfile, stderr = outfile) :
  system call failed: Cannot allocate memory
2: In install.packages("magrittr") :
  installation of package ‘magrittr’ had non-zero exit status

packageVersion("magrittr")

R -e 'install.packages("magrittr")'

http://192.168.10.39:8551/sum

# R 如果 ERROR 並且你的 linux 系統 c++ < 11 or nullptr 不可用 就必須要安裝 c++ 11
curl version 7.70.0

tar xzvf pcre-8.42.tar.gz
tar xzvf xz-5.2.5.tar.gz 
tar xzvf zlib-1.2.11.tar.gz
tar xzvf R-3.5.0.tar.gz

delete /usr/lib64/pkgconfig/zlib.pc

CXX11 = g++
CXX11FLAGS = -O2 -g $(LTO)
CXX11PICFLAGS = -fPIC
CXX11STD = -std=c++11

用一個指令就可以下載到最新版的，但可能有問題。要安裝一些指令
Error in .shlib_internal(args) : C++11 standard requested but CXX11 is not defined R 要 vim echo $(R RHOME)/etc/Makeconf 然後改其來

yum remove gcc-gfortran

igraph 下載 1.2.4.1 

sudo find RConfig.h

zU;7a%MXaH5Q

plumber::plumb(file='./plumber.R')$run()

In file included from CHOLMOD/Supernodal/cholmod_super_numeric.c:80:0:
CHOLMOD/Supernodal/t_cholmod_super_numeric.c:25:21: fatal error: Rconfig.h: No such file or directory


wget https://github.com/igraph/rigraph/archive/v1.1.0.tar.gz
tar -zxvf v1.1.0.tar.gz

rigraph-1.1.0
install.packages("./v1.1.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/igraph/igraph_1.0.0.tar.gz", repo=NULL, type="source")
install.packages(u, type = "binary", repos = NULL)
install.packages("v1.1.0.tar.gz", repos = NULL, type="source")
R CMD INSTALL v1.1.0.tar.gz

+Z_F~Q!=mHch

/usr/include/R

> R.home("lib")
[1] "/usr/lib64/R/lib"

Error: Protected multilib versions

#yum install R-devel

Error: Protected multilib versions: libRmath-3.5.2-2.el6.i686 != libRmath-3.6.0-1.el6.x86_64
Error: Protected multilib versions: R-java-devel-3.5.2-2.el6.i686 != R-java-devel-3.6.0-1.el6.x86_64

sudo yum remove openssh
sudo yum remove libRmath
sudo yum remove R-java-devel

yum --enablerepo=epel-testing install R-devel

install.packages("igraph")

yum remove  gcc-gfortran
gfortran --version
yum remove R-devel

yum --enablerepo=epel-testing install gcc-gfortran

yum remove devtoolset*
gcc --version

in this c++ version is 2010 


../build_gcc_4.8.1/configure --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib
./configure --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib 

tar -zxvf gcc-4.8.5.tar.bz2 
CentOS 6將於2020年11月死亡-遷移宜早不宜遲！ https://forums.centos.org/viewtopic.php?t=68077

install.packages("readxl")

library(plumber)
library(igraph)
plumber::plumb(file='./plumber.R')$run( port = 442,host="0.0.0.0")
plumber::plumb(file='./test.R')$run( port = 58903,host="0.0.0.0")

install.packages("plumber")

```R  test.py
library(plumber)

#* @method /url

#* Echo provided text
#* @param text The text to be echoed in the response
#* @get /echo
function(text = "") {
  list(
    message_echo = paste("The text is:", text)
  )
}

Starting server to listen on port 5762
Running the swagger UI at http://127.0.0.1:5762/__swagger__/

curl “http://127.0.0.1:5762/echo" –header “Content-type:application/json” -X POST -d @path/file

curl –data “text=hi_my_friend” “http://127.0.0.1:3000/echo"

https://arch-backend.com:58903

人生真的好不公平，我好想自殺。

不是我的錯八.. 為甚麼我會有這種際遇

{standard input}:161003: Error: unknown pseudo-op: ‘.lbb’
{standard input}:161003: Error: open CFI at the end of file; missing .cfi_endproc directive

install.packages(“nloptr”)
ERROR: configuration failed for package ‘nloptr’

ERROR: no information for variable ‘AR’ cru .libs/libutil.a .libs/mt19937ar.o .libs/sobolseq.o .libs/timer.o .libs/stop.o .libs/redblack.o .libs/qsort_r.o .libs/rescale.o
../libtool: line 1102: ERROR:: command not found

library(remotes)
remotes::install_version(‘doBy’, version = ‘4.5-15’ )
library(doBy)

http://132.148.26.6:58903/echo?text=123

Rscript plumber::plumb(file=’./plumber.R’)$run( port = 58903,host=”0.0.0.0”)
Rscript demo.R &
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